En un Japón futurista controlado por Internet, la Mayor Motoko Kusanagi, una cyborg ultra sofisticada, se ve atormentada por dudas existenciales. Su cerebro fue implantado, muy a su pesar, en el cuerpo de una fornida ciberpolicía dotada de habilidades casi ilimitadas para luchar contra el crimen informático. Cuando su división da con el rastro del “Titiritero”, un misterioso y legendario “hacker” cuya identidad nadie conoce, la joven decide introducirse en su cuerpo para analizar el “ghost” (elemento indefinible de la conciencia, similar al alma), con la esperanza de encontrar las respuestas a sus propias dudas existenciales.