La historia transcurre 3 años después de los hechos ocurridos en Digimon Adventure y en principio el Digimundo está a salvo, hasta que aparece un nuevo enemigo. Como el antiguo grupo de niños elegidos tiene nuevas responsabilidades, ya que son adolescentes, un nuevo grupo es escogido, al cual se unen dos los miembros anteriores, Takeru y Hikari. La misión de los nuevos elegidos es detener a un nuevo villano, llamado a su mismo el Digimon Kaiser, un chico humano que pretende dominar el Digimundo por la fuerza