Tras perder a su madre, los hermanos Alphonse y Edward Elric intentan revivirla, usando la ciencia prohibida de la alquimia humana. Pero la alquimia humana acarrea un alto precio, por lo cual, Ed pierde una de sus extremidades y Alphonse, su cuerpo. Su objetivo será buscar cualquier información sobre la legendaria Piedra Filosofal, con la esperanza que ésta les permita recobrar sus cuerpos.